Nach der Präsentation des neuen Audi A8 und des Volumenmodells Audi A4 wurde die Audi-100-Baureihe in „Audi A6“ umbenannt. Stoßstangen, Frontschürze, Scheinwerfer, Blinkleuchten und Rückleuchten waren neu gestaltet worden. Alle Modelle erhielten seitliche Blinkleuchten im Vorderkotflügel. Scheuerleisten, Türgriffe, Außenspiegel und Stoßfänger waren in Wagenfarbe lackiert. Die Grundform der Karosserie und die technische Basis des vormaligen Audi 100 blieben dabei unverändert.
Seit 1991 gab es den Audi S4 mit einem 169 kW / 230 PS starken Vierventil-Fünfzylinder-Turbomotor und Fünfgang-Schaltgetriebe. Als Sonderwunsch waren ein manuelles Sechsganggetriebe sowie 16”-Bereifung erhältlich. Äußerlich ließ sich der S4 an weißen Blinkleuchten, verbreiterten Vorderkotflügeln und einem roten Heckleuchtenband identifizieren. Der Innenraum war analog zum Audi S2 Coupé ausgestattet.
Im Rahmen der Umbenennung und des Faceliftings der Baureihe wurde der Audi S4 in Audi S6 umgetauft. 16”-Bereifung und Sechsganggetriebe gehörten jetzt zur Serienausstattung. Mit dem Modellwechsel war der S6 das einzige Modell der C-Baureihe, das noch mit Fünfzylinder-Benzinmotor erhältlich war. Den Hochleistungspart übernahmen der Audi S6 4.2 und der Audi S6 Plus – beide Modelle mit Achtzylindertriebwerken und bis zu 240 kW / 326 PS Leistung.
Der Fünfzylinder-Turbomotor blieb bis zum Produktionsende im August 1997 im Programm. Von der Audi S6 Limousine mit dieser Motorisierung wurden 3.231 Exemplare gebaut.